La vegetación que se puede encontrar en las sierras de Hidalgo está representada por abeto, pino, encino, oyamel y enebro; también haycopal, caoba, palo de rosa, ébano, framboyán, mezquite, cafeto, nopal, agave, lechuguilla y damiana. En el valle de Tulancingo se encuentran árboles frutales de tejocote, pera, membrillo y manzano. En la comarca Minera crecen, entre otras plantas, cactus, mezquite,maguey y nopal. En el Altiplano, la vegetación es escasa. En la cuenca de México existen nopales, yuca, mezquite y pirul. La vegetación del valle del Mezquital está formada por huizache, ahuehuete, nogal, biznaga, pirul, cardón, garambullo y otras plantas de clima seco.
Entre la fauna más abundante de la zona destacan las siguientes aves, mamíferos y reptiles: garzas, cotorras, colibríes, tordos, búhos,zopilotes, gatos monteses, coyotes, zorrillos, conejos, liebres, lagartijas y serpientes de cascabel.Hacia el centro y en toda la parte norte y este del estado en donde típicamente venados cola blanca, onzas y jaguares. En la Sierra de la Huasteca la fauna típica está compuesta de tlacuaches, puercoespines, tigrillos, tejones, codornices y guajolotes. La existencia de un suelo árido y las escasas lluvias de temporal que se presentan en el valle del Mezquital, propicia que se dé la presencia de coralillos, lagartijas, camaleones, arañas, ciempiés, alacranes, grillos, chapulines, hormigas y pinacates.